Kepulauan Raja Ampat yang terletak di bagian barat-laut Propinsi Papua memiliki luas areal daratan dan laut sekitar 9,8 juta acre. Melihat posisinya di kawasan segitiga terumbu karang, yang tepat pada pusat keragaman terumbu karang dunia, maka laut di Kepulauan Raja Ampat diindikasikan sebagai kawasan yang paling kaya keragaman hayatinya di dunia.
Pada tahun 2002, The Nature Conservancy (TNC) dan para mitra lainnya mengadakan suatu penelitian ilmiah untuk memperoleh data dan informasi tentang ekosistem laut, daerah bakau dan hutan Kepulauan Raja Ampat. Survei ini menunjukkan bahwa terdapat sejumlah 537 jenis karang, yang sungguh menakjubkan karena mewakili sekitar 75% jenis karang yang ada di dunia. Ditemukan pula 828 jenis ikan dan diperkirakan jumlah keseluruhan jenis ikan di daerah ini 1.074. Di darat, penelitian ini menemukan berbagai tumbuhan hutan, tumbuhan endemik dan jarang, tumbuhan di batuan kapur serta pantai peneluran ribuan penyu.
Pemerintah Indonesia baru saja menetapkan kawasan Raja Ampat sebagai kabupaten baru yang mandiri, yang merupakan kesempatan besar bagi masyarakat setempat untuk mengelola sumberdaya alam Raja Ampat untuk masa depan kehidupan mereka. Pemerintahan baru ini juga menawarkan peluang untuk turut mempertimbangkan aspek pelestarian alam dalam perencanaan tata ruang kabupaten baru.
Menanggapi tawaran dan sekaligus untuk membantu pemerintah daerah, maka TNC meluncurkan suatu program kerja yang bertujuan untuk melindungi Kepulauan Raja Ampat yang dilakukan bersama pemerintah dan masyarakat Raja Ampat. Program ini bertujuan: 1) menyumbangkan suatu rencana kegiatan konservasi menyeluruh untuk melindungi terumbu karang dan hutan Kepulauan Raja Ampat; 2)membantu menyelaraskan pengelolaan kawasan perlindungan laut ke dalam perencanaan dan kebijakan pembangunan jangka panjang; serta, 3) mengembangkan suatu jaringan kawasan perlindungan laut.
Tujuan akhir kehadiran TNC di Raja Ampat adalah melindungi kekayaan terumbu karang Kepulauan Raja Ampat yang sekaligus diharapkan akan menjamin kehidupan masyarakat lokal.
Raja Ampat tersusun atas empat pulau besar, yaitu Waigeo, Batanta, Salawati dan Misool serta ratusan pulau kecil. Kepulauan ini merupakan bagian dari bentangan laut daerah Kepala Burung yang termasuk pula kawasan Teluk Cenderawasih, yaitu taman nasional laut terbesar di Indonesia.